Uşak Üniversitesi Fen Bilimleri ve Sosyal Bilimler Enstitüleri Uşak Üniversitesi kuruluş kanunu ile lisansüstü eğitim vermek amacıyla Rektörlüğe bağlı olarak 2547 sayılı Kanun esas alınarak 2006 yılında kurulmuştur.

Uşak Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü 14.08.2014 tarihli ve 2014/6728 sayılı Bakanlar Kurulu kararı ile Rektörlüğe bağlı olarak kurulmuştur.

28 Mart 2020 tarih ve 31082 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan Cumhurbaşkanı kararı ile Üniversitemizde faaliyet gösteren Sosyal Bilimler, Fen Bilimleri, Sağlık Bilimleri Enstitüleri kapatılarak “Lisansüstü Eğitim Enstitüsü” adı altında birleştirilmiştir.